《열세 살의 덩크 슛》은 목표나 가치관이 확립되진 않았지만, 자신만의 세계가 만들어지는 열세 살 하나의 이야기를 통해 그 나이의 고민을 이야기한다. 아역 배우가 되어 멋진 스타를 꿈꾸던 하나는 갑작스럽게 농구부에 들어가 농구공을 던지면서 가슴이 두근거리는 경험을 한다. 게다가 농구를 좋아하는 지수와 사진 찍는 것에 빠진 계인이를 만나면서 자신이 정말 하고 싶은 일이 무엇인지 진지하게 다시 생각해 보게 된다.

엄마와 아빠가 떡집을 차리면서 새로운 곳으로 이사하고 학교도 옮기게 된 하나. 키도 크고 자신감 넘치는 하나는 연예인이 꿈이다. 엄마, 아빠의 떡집이 잘돼서 곧 연기 학원에 다니는 희망을 품고 있다. 하나는 눈에 띄는 외모와 호감을 주는 성격으로 새 학교에도 잘 적응하지만, 막상 짝꿍인 계인이는 하나를 본체만체한다. 또 키가 크다는 이유만으로 느닷없이 농구부 감독님은 하나에게 계속 농구부 입단을 추천한다. 연예인을 꿈꾸는 하나는 이래저래 기분이 상한다.

알고 보니, 계인이는 주인집 손자였고, 농구부 감독님은 새집 위층에 살고 있어 엄마와도 모두 아는 사이였다. 어쩌다 보니, 하나는 짝꿍 계인이와 농구부 주장이자 감독님 딸인 지수와 계속 부딪힌다. 그러다 하나의 실수로 지수가 손목을 다치고, 시합이 얼마 남지 않아 어쩔 수 없이 하나는 농구부 후보 선수로 참여하게 된다. 그러나 울며 겨자 먹기로 시작한 농구는 의외로 하나의 가슴을 뛰게 하는데…….