비밀의 화원은 정말 신비로운 곳이야! 심술 맞은 소녀 메리가 씩씩하고 건강하게 변화하는 성장 이야기. 메리는 영국에서 태어난 우울하고 심술 맞은 열 살짜리 소녀예요. 부모님이 전염병에 걸려 돌아가시자 메리는 얼굴도 모르는 고모부에게 맡겨졌어요. 황무지 끝에 있는 고모부의 저택은 비밀과 수수께끼가 가득해요. 방이 100개나 있고, 정원 어딘가에 문이 잠긴 비밀의 화원이 있대요. 거칠고 메마른 황무지를 싫어하던 메리는 하녀 마사의 동생 디콘을 만나면서 조금씩 밝고 씩씩하게 변하게 됩니다. 남몰래 비밀의 화원을 찾던 어느 날, 메리는 한밤중에 남자아이의 울음소리를 듣게 되었어요. 울음소리의 주인공은 도대체 누구일까요? 메리는 비밀의 화원을 찾을 수 있을까요?