십여 년에 걸친 잔혹한 전쟁이 마침내 끝났다. 불가사의한 프로토스, 야성적인 저그, 인류의 후손인 테란. 이 강대한 세 진영이 휴전에 합의하자, 위태로운 평화의 나날이 이어진다. 하지만 프로토스의 손에 황폐해진 행성이 갑작스럽게 되살아나며, 잦아들었던 갈등의 불씨가 다시 피어오른다. 세 진영의 관계가 다시 악화되고, 각 종족은 저마다의 이유로 분노하기 시작한다. 테란-프로토스의 병사와 연구원으로 구성된 조사단이 이 신비한 저그 행성과 그곳 거주민의 진짜 의도를 확인하기 위해 원정을 떠나지만, 풍요로운 풍경 속에는 어둠의 장막에 가려진 다른 괴물들이 도사리고 있었다. 이들이 풀려나는 순간, 온 우주의 운명은 뒤바뀔 것이다.