아흔아홉 달 동안 열두 과업을 힘들게 완수하고 홀가분한 몸이 된 헤라클레스한테 아테나가 급히 찾아온다. 티타노마키아에 이어 또다시 전쟁을 일으킨 가이아가 제우스를 몰아내려고 잠들어 있던 기간테스를 깨워 올림포스를 공격한 것이다. 아테나는 인간계 최고 영웅인 헤라클레스한테 도와 달라고 부탁하지만, 신들과 더는 엮이고 싶지 않은 헤라클레스는 꿈쩍도 하지 않는다.

어쩔 수 없는 신들은 헤라클레스의 도움 없이 기간테스의 공격을 막아 보려고 하지만 신들의 힘만으로는 역부족이다. 기간테스는 가이아와 우라노스의 자식들로, 불사의 존재이며 신을 뛰어넘는 무시무시한 괴력을 지녔기 때문이다. 가이아는 기가테스한테 유일한 위협이 될 헤라클레스를 자기 편으로 만들어 보려고 하지만 그 또한 헤라클레스는 단번에 거절하고 만다.
한편 아테나는 절박한 마음으로 헤라클레스를 다시 찾아가지만, 헤라클레스의 반응은 여전히 차갑기만 하다. 그사이 기간테스는 지상을 쑥대밭으로 만들고, 급기야 바위산을 높이높이 쌓아 올림포스로 쳐들어온다. 기간테스의 공격이 더욱더 거세지고 있는 가운데, 과연 헤라클레스는 마음을 돌리고 올림포스 신들과 힘을 합쳐 세상을 어지럽히는 기간테스를 물리칠 수 있을까?

신과 인간, 모두의 운명이 걸린 기간토마키아에서 헤라클레스는 또 어떤 활약을 펼칠까!